Afin de battre le pavillon marocain, tout navire de commerce ou de plaisance navigant en mer doit être immatriculé. L'immatriculation consiste à attribuer à un bateau un numéro d'identification. Ce numéro fait partie des marques d'identification et doit être apposé sur la coque du navire.

Pour être considérés comme étant sous pavillon marocain, les navires doivent être immatriculés au registre d'immatriculation des navires de commerce ou de plaisance, en suivant une procédure comprenant plusieurs demandes : immatriculation, affectation de nom, choix du port d’attache... etc.